Qual das duas formas devo usar?
"Venho agradecer vocês pela ajuda!”
“Venho agradecê-los pela ajuda!”
Nenhuma delas, pois ambas estão erradas.
O problema é que o verbo "agradecer" – transitivo direto e indireto – admite como objeto direto apenas a "coisa" e como objeto indireto, com a preposição "a", a "pessoa". Nunca admite a inversão.
Claro está, então, que, ao usar o verbo "agradecer", obrigatoriamente haverá a preposição "a" diante da pessoa, e não poderá existir preposição alguma diante da coisa.
A frase apresentada deverá ser corrigida, então, assim:
Gostaria de agradecer a vocês tudo o que fizeram por mim!
Ou
Gostaria de agradecer-lhes tudo o que fizeram por mim!